Порядок призначення судової експертизи в експертних установах визначається Законом України «Про судову експертизу», Кримінально-процесуальним, Цивільно-процесу­альним та Господарсько-процесуальним кодексами України, Інструкцією про призначення та проведення судових експертиз та іншими нормативно-правовими актами з питань судової експертизи.

Призначена судово-бухгалтерська експертиза є важливою слід­чою дією. Від чіткого та безпомилкового її проведення здебільшого залежать якість і строки розслідування кримінальної справи. Судово-бухгалтерська експертиза призначається, якщо перед слідчим (судом) після проведення ним певних слідчих дій (судового розгляду) виникли конкретні запитання, вирішити які може лише спеціаліст, і в справі є достатня кількість слідчого та документального матеріалу, необхідного для дослідження експертом-бухгалтером. Судово-бухгалтерську експертизу призначають як на стадії попереднього розслідування, так і під час розгляду справи у суді. Питання про призначення судово-бухгалтерської експертизи вирішується у кожному окремому випадку залежно від обставин справи.

Як правило, судово-бухгалтерська експертиза призначається, якщо:

висновки ревізії суперечать матеріалам справи та для усунення суперечень потрібен висновок експерта-бухгалтера;

ревізором не прийняті до обліку надані матеріально відповідальними особами документи, акти про нестачу товарів — через їх неналежне оформлення, несвоєчасне надання;

є обґрунтоване клопотання обвинувачуваного про призначення судово-бухгалтерської експертизи;

є суперечення у висновках первинної та повторної ревізій;

методи, що застосовуються ревізором для визначення матеріальних збитків, викликають сумнів;

така необхідність випливає з висновків експерта іншої спеціальності.

До експертної установи надсилаються постанова (ухвала) про призначення експертизи, а також об’єкти дослідження.