Высшим органом Содружества является Совет глав государств. Он обсуждает и решает принципиальные вопросы, связанные с деятельностью государств в сфере их общих интересов. Совет собирается на заседания два раза в год. Внеочередные заседания могут созываться по инициативе одного из государств-членов.

Совет глав правительств призван координировать сотрудничество органов исполнительной власти стран СНГ в экономической, социальной и иных сферах общих интересов. Совет собирается на заседания четыре раза в год.

Решения Совета глав государств и Совета глав правительств принимаются консенсусом. Любое государство может заявить о своей незаинтересованности в том или ином вопросе, что не должно рассматриваться в качестве препятствия для принятия решения.

Совет глав государств и Совет глав правительств могут проводить совместные заседания. Главы государств и главы правительств на заседаниях соответствующих Советов председательствуют поочередно в порядке русского алфавита названий государств Содружества. В декабре 1993 г. был учрежден пост Председателя уставных органов СНГ. В течение последующих пяти лет по единодушному решению всех стран Содружества его занимала Россия.

Совет министров иностранных дел осуществляет на основе решений Совета глав государств и Совета глав правительств координацию внешнеполитической деятельности стран СНГ, включая их деятельность в международных организациях, а также организацию консультаций по вопросам мировой политики, представляющим взаимный интерес. Совет действует на основе Положения 1993 г. При Совете министров иностранных дел создана Постоянная комиссия по миротворческой деятельности.

В качестве постоянно действующего исполнительного и координирующего органа Содружества создан Координационно-консультативный комитет. С 1994 г. при нем работает Комиссия Экономического союза.

В рамках СНГ действует Совет министров обороны, который является органом Совета глав государств по вопросам военной политики и военного строительства. Имеется Штаб по координации военного сотрудничества государств Содружества. Совет командующих пограничными войсками является органом Совета глав государств по вопросам охраны внешних границ стран Содружества и обеспечения стабильного положения на них.

В целях координации деятельности по борьбе с преступностью создан Совет министров внутренних дел Содружества. Сотрудничают и другие правоохранительные органы, в том числе и прокуратуры.

В целях обеспечения выполнения экономических обязательств в рамках СНГ его Уставом предусмотрено создание Экономического суда. К его ведению относится разрешение споров, возникающих при исполнении экономических обязательств. Суд может разрешать и другие споры, отнесенные к его ведению соглашениями стран СНГ. Он вправе также толковать положения соглашений и иных актов Содружества по экономическим вопросам. С 1995 г. Экономический суд начал практическую деятельность.

Консультативным органом СНГ является Комиссия по правам человека. Она призвана наблюдать за выполнением обязательств по правам человека, взятым на себя странами СНГ в рамках Содружества.

На основе соглашений государств - членов СНГ о сотрудничестве в экономической, социальной и иных областях могут утверждаться органы отраслевого сотрудничества, которые осуществляют выработку согласованных принципов и правил такого сотрудничества и способствуют их практической реализации. Координирующие органы СНГ находятся в г. Минске.

С 1995 г. в структуру органов Содружества входит Межпарламентская ассамблея. Она проводит межпарламентские консультации и, что очень важно, разрабатывает рекомендательные законодательные акты. Ею, в частности, разработано несколько десятков подобных актов, в том числе Гражданский, Уголовный, Уголовно-процессуальный кодексы. Межпарламентская ассамблея заседает в г. Санкт-Петербурге в Таврическом дворце.