Усиление централизованного регулирования коснулось и местного самоуправления вместе с территориальной администрацией. Политическая линия реорганизации заключалась в обеспечении исполнения вместо оппозиции, постоянным источником которой были выборные власти. Новая организация местной власти (с сохранением в главном сложившейся административно-территориальной структуры) была установлена законом 17 февраля 1800 г. Согласно общим началам реорганизации, коллегиальность местных властей подавлялась и заменялась единоначалием, местная автономия заменялась централизацией, выборность уступала назначению, низовые административные органы превращались в исполнительные, лишаясь прав решать что-либо значительное. Произошло и частичное видоизменение структуры: уезды переименовывались в округа, одинаковые для городского и сельского управления.

Главной фигурой департаментской администрации стал префект. Его назначал персонально Первый консул (затем император), и ему передавалась вся исполнительная власть. В качестве помощников при нем действовали генеральный секретарь, коллегиальный генеральный совет и исполнительный совет. Советы назначал также глава государства, руководствуясь выборным департаментским списком нотаблей. В округе аналогичное положение занял супрефект. При нем действовал окружной совет из 11 членов – для вотирования некоторых исполнительных решений. В низовых коммунах управление поручалось мэру (в коммунах с населением до 5 тыс. жителей его назначал префект, в более значительных – непосредственно глава государства). У мэра были заместители, а также муниципальный совет – в 10, 20 или 30 членов; членов советов выбирал префект согласно коммунальному выборному списку.

По-особому было преобразовано управление Парижа – с тем чтобы изжить революционно-коммунальные традиции. Городу с окрестностями был придан статус департамента, и он был разделен на 11 округов во главе с мэрами и двумя заместителями (их выбирал глава государства лично). Центральное управление было поделено между префектом департамента и префектом полиции, которые обладали непересекающимися полномочиями и отчасти контролировали друг друга.

Со временем выборность местных советов все более была заменена назначением, состав коллегии выборщиков был сделан пожизненным (1802), а затем вовсе – зависящим от усмотрения императора, который присвоил право определять в местные органы любых, по своему усмотрению, «достойных лиц» (например, членов Почетного легиона).

Система местного управления, сформированная в период Консульства и Империи, оказалась едва ли не самым долгоживущим установлением Империи и не претерпела значительных изменений (кроме выборности советов с 1870 г.) до XX века.