Юридической и фактической осью федерального управления стала власть президента. Первые выборы президента США завершились 4 февраля 1789 г. (им стал Д. Вашингтон). При вступлении в должность президента была проведена торжественная процедура инаугурации, которая стала с этого времени обязательной. В конце XVIII – начале XIX в. реальные полномочия президента ограничивались непосредственным государственным управлением; законодательное вето применялось очень редко. С середины XIX в. влияние президентской власти возросло, президент все более стал вмешиваться в законодательный процесс. В конце XIX в. президент Кливленд применял вето уже более 400 раз, подчиняя своему влиянию Конгресс.

В XIX в. президент практически единолично исполнял все должностные полномочия. Только в 1857 г. было разрешено ему нанимать себе секретаря за государственный счет. (До этого канцелярский аппарат нанимали сами президенты за счет собственных средств.) Не существовало никакого аппарата Белого Дома. Даже охрана президента появилась только в 1901 г., после убийства президента Мак-Кинли.

Федеральная администрация, помимо президента, была представлена несколькими государственными секретарями (министрами), которые возглавляли департаменты. Реально объединенного правительства не существовало, и все правительственные решения принимались единолично – президентом или самим министром по его должности. Совместные встречи-совещания секретарей стали проводиться с 1791 г., но были редкими: на протяжении первой половины XIX в. около 20 раз в году. Кабинет и высшее чиновничество формировались по принципу личной преданности президенту либо во исполнение тех или иных предвыборных договоренностей. Президент Т. Джефферсон впервые ввел в практику (1800) единовременную замену высших должностных лиц на основании принадлежности их к другой партийной группировке. К концу XIX в. такая замена чиновников по принципу партийной принадлежности в зависимости от успехов той или другой партии на выборах стала правилом и распространялась уже на несколько тысяч постов, включая и среднее чиновничество. Бюрократический аппарат значительно вырос, насчитывая до 100 тыс. должностей, формально назначаемых президентом (в 1790 г. в федеральном аппарате было до 350 служащих). Естественно, что президент физически не был в состоянии выбрать и назначить такое количество должностных лиц. Поэтому сложилась практика, согласно которой конгрессмен победившей на выборах партии имел право рекомендовать к назначению от 100 до 250 чиновников, которые тем самым как бы попадали под его патронат. Чтобы несколько упорядочить эту практику (в итоге которой на правительственные посты могли попасть даже вовсе неграмотные люди по принципу личной «полезности»), в 1872 г. был принят первый закон «О гражданской службе». Теперь специальный комитет из 3 человек вырабатывал правила назначения, систему конкурсных экзаменов для претендентов.

Первые ведомства – департаменты – были образованы в 1789 г.: Департамент финансов, Департамент военных дел, Департамент иностранных дел. Каждый из них в конце XVIII в. насчитывал до сотни служащих, что для того времени было значительной цифрой. Основную роль среди государственных учреждений играл Департамент иностранных дел, хотя поначалу регулярные дипломатические отношения США установили только с Францией и Испанией. Значение Департамента военных дел было снижено практически отсутствием регулярной армии. Согласно закону 1791 г. американская армия основывалась на обязательной милиционной службе мужского населения штатов от 18 до 45 лет с собственной экипировкой. В организационном подчинении милиция находилась у штатов. Реально экипированы были не более трети ополченцев. Регулярная армия насчитывала до 5 тыс. солдат и офицеров, в течение первой половины XIX в. она еще более сократилась. Это стало причиной многих трудностей в ходе англо-американской, американо-мексиканской войн того времени. Только после Гражданской войны началась организация многочисленной регулярной федеральной армии. С 1794 г. федерация начала строительство собственного военного флота (поводом стала необходимость борьбы с пиратскими действиями алжирского флота). В 1798 г. был учрежден Военно-морской департамент; тогда же образован и регулярный корпус морской пехоты как ударная боевая единица федеральных вооруженных сил.

На протяжении XIX в. образовались еще несколько департаментов-министерств: Внутренних дел (1849), Сельского хозяйства   (1862),  Юстиции   (1870),  Почтовый (1872). Появились также административные учреждения, образованные Конгрессом для особых видов главным образом социально-культурного управления и находившиеся вне прямого контроля президентской администрации. Наиболее видными такими учреждениями были Смитсонианский институт (1846) для содействия развитию наук, Комиссия по регулированию междуштатной торговли (1887). Если учреждения типа Смитсонианского института были внутрисистемными и не имели никакой принудительной власти, то федеральные комиссии обладали квазисудебными правами, решали споры как между юридическими, так и между частными лицами, принимая на себя по сути регулирующие функции.

Руководители федеральных министерств были не только чиновниками, но и должностными лицами государственной исполнительной власти. При известных условиях они могли занять пост президента и взять на себя все его полномочия. Порядок этот был отрегулирован особым Законом о преемственности президентской власти (1886). Согласно ему, в случае каких-либо обстоятельств президента замещали поочередно вице-президент, государственный секретарь, министр финансов, военный министр, министр юстиции и т. д.