Конституция 1889 г. установила общие начала новой судебной организации. Провозглашалась независимость судебной власти, ее подчиненность закону, судьям гарантировалась значительная независимость. Главой судебной системы считался император, суды действовали от его имени. Еще до принятия Конституции, в рамках прежней полу-административной юстиции были проведены процессуальные новшества: заседания стали открытыми, в т.ч. для прессы (1872), были полностью запрещены пытки свидетелей и обвиняемых при разборе дел (1874).

Новая система органов юстиции была сформирована на основании Положения о судоустройстве 1890 г., принятого одновременно с первым для Японии Уголовно-процессуальным кодексом; в их разработке приняли активное участие видные германские правоведы. По новому закону суды были соподчинены в несколько инстанций, установлена строго территориальная подсудность.

Основными органами общей юстиции стали местные суды (к концу 1920-х гг. их насчитывалось 281 по стране) и районные суды (51); они рассматривали основную массу гражданских и уголовных дел. Местный судья единолично решал незначительные дела, по которым могло быть назначено наказание не свыше 1 года заключения или 300 йен штрафа и гражданские с небольшой суммой иска; районные, где дела решались коллегиально, кроме того, действовали как суд второй инстанции в отношении местных. (Незначительные дела и правонарушения разбирали низовые, полицейские суды, которые были вправе назначить наказание не свыше 20 дней ареста или 20 йен штрафа). Третью условную инстанцию составили окружные апелляционные суды (их было 7 в конце 1920-х гг.), где дела рассматривались только в порядке обжалования, которое было обставлено сложными формальностями. Во главе судебной системы находился Высокий с у д. В нем разбирались обвинения в государственной измене, преступления против членов императорской династии, а также совершенные членами династии. Гражданские процессы против членов династии могли проходить только в центральном, Токийском апелляционном суде.

Председатели всех судов назначались от имени императора, судьи – Министерством юстиции. Судьи апелляционных судов должны были иметь 10-летний стаж юридической или преподавательской работы. Членство в Высоком суде было практически пожизненным и ограничивалось только возрастом (63 года, 65 – для председателя).

Представителями государства в процессах выступали прокуроры, объединенные системой Министерства юстиции. В 1893 г. был принят закон об адвокатах. Однако участие адвокатов в процессах и их роль были ограниченными: так, свои вопросы участникам процесса они могли задавать только через председательствующего, «недостойное» поведение адвокатов в процессе могло стать предметом разбора дисциплинарного суда единственно по представлению прокурора, да и вообще списки лиц, допускаемых к защите велись в прокуратуре.

Отдельно была создана система административных судов (по Закону 1890 г. их было 17 на страну). Члены этих судов назначались императором (а фактически премьер-министром). Административные суды были вправе разбирать иски к налоговым органам, по поводу лицензирования (какой-либо деятельности), привлечения к общественным работам, пограничные споры о собственности, споры с полицией и местными властями. Значимость их для формирования законности действий администрации была весьма условной, однако создание таких судов было особо предусмотрено Конституцией 1889 г.

Некоторым обновлениям судебная система Японии подвергалась в 1920-е годы. Наиболее важным новшеством стал пересмотр Уголовно-процессуального кодекса (1922) и в связи с ним введение суда присяжных при разборе уголовных дел в районных судах (1923; фактически их деятельность развернулась только с 1928 г.). Участие присяжных было обязательным при обвинениях, которые могли повлечь осуждение на смертную казнь, каторгу или бессрочное заключение. В задачу присяжных входило только установление фактических обстоятельств дела (в отличие от принятого на Западе вердикта и о виновности). Коллегию присяжных составляли 12 мужчин старше 30 лет и с повышенным цензом оседлости; назначали их тайно, следуя списку префектуры. Однако приговор присяжных для суда не был абсолютно обязательным; более того, на их решение допускалась формальная апелляция со ссылкой на несоответствие закону. Поэтому орудием демократического контроля общества над администрацией суды присяжных не стали.

Характерным новшеством юстиции стало создание на основании Закона 1922 г. (поначалу только в двух крупнейших городах) особых семейных судов по делам несовершеннолетних (до 18 лет). Этим судам вменялось в обязанность решать дела подростков, не прибегая к чисто уголовным наказаниям, а основываясь на иных методах психического и физического принуждения (еще в 1900 г. в Японии были созданы специальные исправительные школы).

В 1921 г. был создан арбитраж по коммерческим спорам. Новый порядок, хотя весьма своеобразный и продолжительный, разбора дел (в день можно было заслушивать лишь одного свидетеля и любое дело растягивалось на 1–1,5 мес.) был установлен Гражданско-процессуальным кодексом (1926–1929 гг.)

С принятием новой конституции Японии 1946 г. была реформирована и судебная система. Конституция установила полную самостоятельность судебных властей, подчиненных Верховному суду (по образцу США), несменяемость судей, гласность и открытость судопроизводства. Новая судебная организация была установлена Законом о судоустройстве 1947 г.

Законом 1947 г. была сформирована четырехуровневая система судов, единых для гражданских и уголовных дел. Император лишался судебных функций. Особые и административные суды упразднялись. Основная масса дел приходится на т. н. суммарные суды (568 на страну) и районные суды (232 суда с 300 отделениями в наиболее населенных районах). Рассмотрение дел по первой инстанции в них производится судьей единолично, апелляционный разбор – коллегиями по 3 и 5 судей. Высокие суды (их 8) уполномочены рассматривать только апелляции на решения низовых органов юстиции. Верховный суд, помимо апелляционных функций, был наделен полномочиями конституционного надзора, а также установления правил судопроизводства и управления судебными делами. Судьи Верховного суда (в числе 15-ти) назначались кабинетом министров. Главный судья – императором. Срок полномочий судей всех уровней определялся Конституцией в 10 лет, после этого судьи могли переназначаться. Судьба судей Верховного суда решалась избирателями при новых парламентских выборах. Для всех судей были установлены требования профессионального стажа и повышенный возрастной ценз. Новый Уголовно-процессу-альный кодекс (1947) существенно демократизировал процесс, отменил важное ранее предварительное слушание, основанное на презумпции виновности обвиняемого.

После принятия в 1949 г. Закона о несовершеннолетних повсеместно были сформированы семейные суды, которые стали частью общей юстиции. Суды были образованы в каждой префектуре. Как и раньше, в них решались вопросы об ответственности несовершеннолетних. Решения выносились с учетом мнения социальной защиты и воспитательных учреждений.

Сложившаяся в ходе послевоенной правовой реформы судебная система сохранилась неизменной в Японии до конца XX в.