Издание конституции и переустройство верхов политической системы далеко не устранили противоречий между обществом и индепендентским руководством. Режим протектората по-прежнему означал контроль армии за всей администрацией и только смену генеральского мундира на бархатный камзол (что и сделал Кромвель, ознаменовав так вступление в звание протектора).

Противоречия были тем более значительными, что политический, административный и нравственный террор, установленный индепендентами под лозунгами революции, был значительно тяжелее для широких слоев, чем режим прежней монархии, которая при всех грехах была-таки светским государством. Индепевденты же в своем протестантском рвении стали стремиться построить государство-церковь. И хотя в «Орудии управления» отмечалось, что не может быть принуждения к исповеданию государственной религии, там имелись в виду лишь насильственные методы, а отнюдь не отсутствие «стараний по привлечению граждан надлежащим наставлением и примером хорошего поведения». Еще в 1644 г. парламент запретил по воскресеньям в стране торговлю съестными припасами, перевозку тяжестей и любые иные работы, а также открытие игр, питейных заведений, трактиров и т. п. Все это запрещалось под угрозой штрафов, и даже за «грехи» детей должны были платить родители. При индепендентах строгости усилились. В 1650 г. были запрещены театры, актеров ссылали. Католикам и англичанам были полностью запрещены богослужения по их обряду. Для каждого поступающего на правительственную должность, даже самую ничтожную, вводилась присяга в порицании католичества.

Выборы в новый парламент оказались политически неудачными (было избрано по новым законам 460 депутатов, включая по 30 представителей от Шотландии и Ирландии – это было сделано впервые). Созванный в 1654 г. парламент поднял вопрос об аграрном переустройстве, и Кромвель, опираясь на поддержку генералитета, распустил его. Это была его явная политическая ошибка: он вынужден теперь был делить власть с генералитетом армии. Идея военного деспотизма все более набирала силу под лозунгом, что «народу важнее иметь действительную, нежели чисто формально обеспеченную свободу».

Под давлением генералитета принципы военной организации были перенесены на административно-территориальное устройство. Летом 1655 г. страна была разделена на 17 военных округов во главе с генерал-майорами (т. е. старшими генералами). Наместники были как бы протекторами в миниатюре и наделялись значительными полномочиями, в т. ч. правом ареста подозрительных, наложения карательных налогов. Под их общим надзором находились церковные комитеты графств – из пресвитериан и индепендентов, которым вменялось наблюдать за частной жизнью граждан. Все увеселения пресекались, любые собрания под предлогом «сборищ» разгонялись.

Выборы в новый парламент 1656 г. прошли под значительным давлением правительства: свыше 100 депутатов были кассированы (отменены) Государственным советом. Тем не менее парламент выступил с петицией о ликвидации военных округов и режима генеральского правления. Взамен в июле 1657 г. Кромвелю было предложено принять на себя королевское звание. Предложение было стратегическим: цель его заключалась в восстановлении исторической конституции. Однако Совет армии и генералитет вмешались и расценили предложение «как скандальное». Изменения, однако, последовали 22 мая 1657 г., но в духе компромисса традиционного уклада с военной диктатурой. Кромвель получил право самому назначить себе преемника. Одновременно восстанавливалась Палата лордов (в числе 63 лордов, большинство которых были новоназначенными), подтверждены были исключительные права парламента на вотирование налогов, гарантировалась свобода совести (но не богослужения!).

Режим протектората при всем этом был тесно связан с личностью и авторитетом Кромвеля. Как только он скончался (3 сентября 1658 г.), режим попал в тяжелое кризисное состояние безвластия. Назначенный преемником отца Ричард Кромвель не сумел удержать власть и стал политической игрушкой в руках генералитета. В 1659 г. его вынудили отречься от звания и восстановить условную республику. Общественное недовольство и режимом индепендентов, и безвластной республикой одновременно стало настолько значительным, что вопрос о восстановлении монархии и исторической конституции в стране стал в область практической политики. Революция исчерпала себя.