Наказания по кодексу подразделялись на два основных класса: они могли быть уголовными  которые назначались за то, что расценивалось как преступления) и исправительными (которые полагались за проступки). Разделение наказаний также было чисто формальным, и одно понятие взаимно объясняло другое: преступление уголовное потому, что за него положено наказание первого класса, наказание первого класса налагается потому, что преступление отнесено к уголовным.

Уголовные наказания могли быть мучительными и позорящими или только позорящими (ст. 6). К первому разряду относились: смертная казнь, пожизненная каторга, депортация, срочная каторга, лишение свободы, заключение в тюрьме. Ко второму разряду – поражение в правах, изгнание и выставление в особом ошейнике у позорного столба. Все прочие виды наказаний были отменены, в первую очередь – все телесные наказания и членовредительные, которые составляли историческую особенность старой уголовной юстиции. Полная ликвидация телесных наказаний в уголовной практике стала одним из самых важных прогрессивных новшеств УК. В отношении членовредительных наказаний кодекс не был столь же абсолютно последователен: сохранялся единственный случай применения таких в качестве своего рода пытки, предшествующей смертной казни (до 1832 г.). Физическое изнурение заключенных также входило составной частью в отбытие наиболее тяжких наказаний (заковывание в цепи, ограничение движений и т. п.).

Смертная казнь назначалась за наиболее значительные преступления против безопасности государства, против конституции, а также за преступления против личности. Единственной формой ее осуществления предусматривалось отсечение головы (при помощи гильотины)*. Проведение смертной казни первоначально предписывалось публичным и составляло небольшой спектакль, правила которого (в чем должен быть одет заключенный, как его вести на эшафот и т. п.) особо расписывались в кодексе. Тело казненного могло быть выдано родственникам по их требованию. Всего смертная казнь назначалась за 30 конкретных случаев преступлений. Особо тяжким считалось отцеубийство. За это преступление ответственность не могла быть смягчена ни в каком случае, и смертная казнь назначалась в особой форме: осужденному предварительно отсекали кисть правой руки. К отцеубийству приравнивались покушения на жизнь императора.

Каторжные работы назначались или пожизненно, или на срок не менее 5 и не более 20 лет. Бессрочная каторга предусматривалась примерно в 15 случаях – главным образом преступлений против безопасности государства. Порядок отбывания каторги различался для мужчин и для женщин. Первых предписывалось использовать на самых тяжелых работах, сковывая цепями с отягощениями, вторых – использовать только внутри смирительного дома.

Депортация рассматривалась как один из самых тяжких видов наказаний. Это было связано не с юридическим его свойством, а с фактическим осуществлением. Места для депортации преступников предписывались законом и обязательно вне континентальной территории империи. Фактически для высылки использовались крайне отдаленные колониальные земли (Мадагаскар, Гвиана, Новая Каледония) с тяжелым климатом, в котором редко кто выживал более 10 лет. Депортация была пожизненным наказанием, и самовольное возвращение влекло осуждение уже к каторге.

Лишение свободы и заключение в тюрьме по своему существу были однотипными наказаниями. Различие состояло в учреждениях, где предстояло их отбывать, и в сроках: лишение свободы могло быть назначено на срок от 5 до 20 лет с пребыванием в особо назначенной крепости, заключение – на срок от 5 до 10 лет с отбыванием в смирительном доме с обязательным привлечением к работам, выгоды от которых могли идти на обеспечение самого заключенного.

Приговаривание к каторге или к депортации сопровождалось полным поражением в правах, которое называлось политической смертью (сюда относились как избирательные, так и судебные, обычные гражданские и даже семейные права).

Назначение позорящих наказаний (ограничение прав, выставление у позорного столба, изгнание) сопровождалось, если прямо не заключало этого, временным лишением политических или общегражданских прав.

Исправительными наказаниями по УК считались временное заключение в исправительном доме (от 6 дней до 5 лет), запрет на пользование некоторыми гражданскими или политическими правами (права участвовать в выборах, быть присяжным, подавать иски в суде, носить оружие, участвовать в семейных советах, быть опекуном, свидетелем и т. п. – вместе или по отдельности), штрафы.

В качестве дополнительного наказания при самых тяжких преступлениях кодекс допускал применение конфискации имущества.

Целью уголовного наказания в целом считалось возмездие преступнику в зависимости от злостности его намерений и тяжести совершенного. Поэтому возможности смягчения наказания предусматривались только соответственно состоянию личности: например для женщин. Если закон допускал применение обстоятельств, извиняющих совершение преступления (например, в ответ на чье-то нападение и т.п. или кастрация как реакция на развратные действия потерпевшего), то размер наказания устанавливался вполовину против предусмотренного законом срока или даже в виде более мягкого по условной лестнице наказания. Напротив, повторность (рецидив) при совершении преступления как бы сама по себе свидетельствовала об особой злостности деяния и опасности преступника, поэтому наказание за проступки удваивалось и могло достигать сроков, сопоставимых с обычными уголовными. Кроме всего, наказание должно было служить целям общественного порицания и одновременно воспитания, и его предписывалось осуществлять публично.

Полицейские наказания, предусмотренные в кодексе за незначительные нарушения (и налагавшиеся не судебным, а судебно-полицейским порядком), заключались в трех видах: штрафы, арест и конфискация предметов незаконной деятельности. Арест назначался на срок от 1 до 5 дней, штрафы – от 1 до 15 франков, конфискация конкретно касалась или предметов преступного промысла, или инструментов, с помощью которых велась наказуемая деятельность.

Подобно Гражданскому кодексу 1804 г. Уголовный кодекс довольно скоро стал меняться и совершенствоваться. Основным направлением его совершенствования была либерализация системы наказаний. Законами 1832-1834 гг. отменялись наиболее одиозные и архаичные виды наказаний: отсечение руки в случае отцеубийства, применение позорящего ошейника. В 1814 г. была отменена конфискация имущества (восстановленная в XX в.). После революции 1848 г. отменялась и смертная казнь за преступления против безопасности государства и против конституции. В связи с изданием нового законодательства о регулировании печати существенному изменению подверглись правоположения, касавшиеся клеветы, оскорблений путем печати, а также нарушений постановлений и регламентов о печати. В 1854 г. был отменен институт политической (гражданской) смерти. Вышло из обихода наказание в виде поражения в правах. Во второй половине XIX в. вошло в практику применение условного освобождения лиц, отбывавших лишение свободы или заключение.

У К 1810 г. оказал значительное воздействие на кодификацию и развитие уголовного права в Европе XIX в. благодаря новым принципам уголовной доктрины, новой классификации преступлений и системе наказаний, в наибольшей степени отвечавших идеям гражданского равенства и индивидуальной ответственности нового правопорядка. Кодекс в основном сохранил свою силу до 1994 г., когда во Франции вошел в силу полностью обновленный свод уголовного права.