Низшую инстанцию юстиции представлял единоличный мировой судья. Его назначал на 10 лет глава государства (Первый консул, император с 1804 г.). Его юрисдикции подлежали незначительные гражданские дела (с ценой иска до 500 франков, кроме дел о недвижимости и т. п.), а также первичные полицейские и следственные действия. Более значительные дела подлежали рассмотрению в окружных трибуналах (заменивших собой уездные и департаментские суды, существовавшие по Конституции 1795 г.). Трибунал составляли от 3 до 10 судей, а также специальные служители и секретари. При нем был и общественный обвинитель (прокурор). Компетенция окружного трибунала была смешанной. Он разбирал как гражданские дела (основную массу дел и апелляции на решения мировых судей), так и уголовные (приговоры по малозначительным делам, апелляции на решения мировых).

Далее система гражданских и уголовных судов разделялась. Для гражданской юрисдикции существовали апелляционные суды (палаты) в составе от 12 до 31 судьи (всего таких судов в стране было 27, с 1810 г. – 34), которые занимались только пересмотром решений низших инстанций. Для уголовной – департаментские трибуналы (палаты) в составе председателя и двух судей (выбиравшихся из судей апелляционных судов), которые рассматривали основную массу Уголовных дел с участием присяжных заседателей. С 1810 г., согласно Кодексу уголовного процесса 1808 г., палаты заменялись судами ассизов.

Единым высшим органом для уголовной и гражданской юстиции был Кассационный суд (из нескольких секций, с 1826 г. – камер). Этот суд не принимал решений по существу дела, а только кассировал (отменял) их в случае нарушения порядка рассмотрения или законодательства и отсылал на повторное рассмотрение в низший суд.

Существовали и суды исключительной юрисдикции. Важнейшим из таких был Верховный императорский суд, где разбирались преступления должностных лиц, знати, должностные преступления префектов, а также обвинения в заговорах и государственной измене. В 1801 г. был создан особый полевой суд, где главным образом рассматривались дела военных и некоторые сомнительные дела. Состав суда определялся главой государства из профессиональных судей, а также офицеров и граждан. В 1830 г. суды эти были ликвидированы.

Особую систему представляли военные суды – сухопутной армии и флотские. Судопроизводство по гражданским делам было урегулировано Кодексом гражданской процедуры (1806). Согласно нему суд должен был проводиться на основе состязательности сторон, гласно и открыто. Разбор уголовных дел регламентировался Кодексом уголовного процесса (1808). Одним из самых важных установлений уголовного судопроизводства было узаконение суда присяжных при разборе дел в департаментских трибуналах. В состав присяжных (список которых составлялся префектом департамента) включались лица старше 30 лет и соответствующие политическому статусу, установленному избирательными законами. Для каждого процесса председатель суда определял из списка 36 присяжных, из которых после отвода сторонами оставалось 12 для слушания дела. Присяжные определяли виновность обвиняемого и соответственность доказательств. Приговор на основе их вердикта выносил коронный суд. Создание суда присяжных было главной гарантией общественного содержания судопроизводства и гарантией гражданских прав, хотя, конечно, изначально обладало всеми особенностями квази-юридической оценки содеянного, и особенно личности обвиняемого.